【2025年版】医療費控除・セルフメディケーション税制のe-Tax確定申告完全マニュアル

通院費や入院費、薬局で購入した医薬品の費用など、医療費控除やセルフメディケーション税制の対象となる支出について、確定申告をしていますか？
手間はかかりますが、毎年合計金額をチェックし、対象となる場合は医療費控除やセルフメディケーション税制を活用することをおすすめします。
確定申告の期限内にできなくても、５年以内なら遡って、医療費控除の申告が可能です。
2020年分なら、2025年12月31日までが期限です。
確定申告には、昔からある紙の申告書に記入する方法や、オンラインで確定申告書を作成し印刷する方法もありますが、今回は、最も簡単で楽なe-Taxのやり方を説明します。
初めての方は、どのように入力すればよいか迷うことも多いと思いますので、画像付きで詳しく説明します。

医療費控除とは？

医療費控除とは、１年間に支払った医療費が一定額を超えた場合に、所得税や住民税の負担を軽減できる制度です。
自分や家族のために支払った医療費の総額（保険金などで補填される金額を引いた金額）が、10万円（所得合計額が200万円までの場合は所得の合計額金の5%）を超えた場合、超過分を所得から控除できます。
対象となる医療費には、病院の診察費・治療費、処方薬、通院のための交通費などが含まれます。
また、市販の風邪薬など、治療のために購入した医薬品も対象になります。
健康維持などのために購入した、栄養ドリンク、サプリメントなどは対象外です。
確定申告の期限内であれば、控除として計算され、遡って申告をする場合は、後日還付金を支払われます。
医療費控除を受けるには、確定申告が必要です。

セルフメディケーション税制とは？

セルフメディケーション税制とは、健康維持や予防のために一定の医薬品を購入した場合に、所得控除を受けられる制度です。
2017年（平成29年）から導入され、特定の市販薬（スイッチOTC医薬品・非スイッチOTC医薬品）を年間12,000円以上購入すると、最大88,000円まで所得控除が受けられます。
2021年12月31日までは、スイッチOTC医薬品のみでした。
2022年1月1日からは、スイッチOTC以外に、非スイッチOTC医薬品も対象になりました。

適用を受けるための条件

セルフメディケーション税制対象の医薬品

セルフメディケーション税制対象の医薬品は、薬局・ドラッグストアで購入できる、スイッチOTC医薬品と非スイッチOTC医薬品です。

スイッチOTCとは？

2022年（令和4年）1月1日から、スイッチOTC以外に、非スイッチOTC医薬品が追加されました。
以前なら、スイッチOTCには含まれなかったため計上できなかった医薬品が、非スイッチOTCとして追加されたことにより、12,000円を超えるということもあるので、厚生労働省の非スイッチOTCの一覧もチェックしてみてください。
スイッチOTCは、レシートにマークがついているので判別しやすいですが、非スイッチOTCはマークがないためチェック必須です。
非スイッチOTCにもマークが付くようになるといいのですが。
スイッチOTCの対象ではなかった、眼精疲労緩和のために使用する目薬なども非スイッチOTC医薬品として追加されています。

医療費控除とセルフメディケーション税制どちらがお得？

医療費控除とセルフメディケーション税制の違い

医療費控除として申告するのか、セルフメディケーション税制として申告するのか、金額によって、どちらがお得になるかが違ってきます。
そんな時には、下記リンク先で簡単に計算ができるので、どちらで申告するかを事前に判断することをおすすめします。

e-Taxで確定申告書の作成前の事前準備

事前準備とは、医療費控除の申告の際に使用する、医療費通知情報を取得するための操作です。
医療費通知情報を使用せず、医療機関で支払った医療費を一つ一つ手入力することもできますが、取得すると自動入力され、入力の手間を省けます。
セルフメディケーション税制の申告をする場合は、事前準備は不要です。

事前準備のために、マイナポータルの確定申告の事前準備のページ（下記リンク）へアクセスし、「ログインしてはじめる」をクリック。

スマホのアプリ「マイナポータル」で、この画面に表示されたQRコードを読み取る。
スマホの操作方法は、次へ。

ログインなどの操作はせず、最下部にある「読み取り」をクリック。

QRコード読み取り画面の白い枠内に、パソコンで表示しているQRコードを表示させる。

マイナカードに設定している、４桁の数字のパスワードを入力。

画像のように、カードの上にスマホを置き「読み取り開始」をクリック。

マイナカードの読み取りが完了。

マイナポータルにログイン成功。
スマホアプリの「マイナポータル」の画面を閉じる。

「証明書等の取得状況を確認する」をクリック。

すでに取得している場合は、「医療費通知情報」の項目が「完了」と表示。
表示がない場合は、「証明書等を選択する」をクリックし、「医療費控除（医療費通知情報）」を選択する。

「e-Taxで確定申告をはじめる」をクリック。

e-Taxで確定申告書の作成前に代理人登録

医療費控除の申告に使用するための、家族分の医療費通知情報の取得が必要な場合は、あらかじめ代理人登録をしておきます。
家族が一年間のうちに医療機関に全くかかっていない場合、医療機関で支払った医療費を一つ一つ手入力する場合、セルフメディケーション税制の申告をする場合など、家族分の医療費通知情報が必要ない場合は、代理人登録は不要です。
代理人登録をする際は、家族のマイナカードをパスワードが必要です。

マイナポータル（下記リンク）にアクセスします。
先ほど、事前準備をした場合は、すでにログインしている状態です。
ログアウトされている場合は、ログインします。

「メニュー」をクリック。

「代理人の登録」をクリック。

「新たに代理人になる」をクリックし、「委任者を登録」をクリック。

家族のマイナカードを用意し、「実行」をクリック。
このあとは、事前準備の時と同じ要領でマイナカードの読み取りを行う。
パスワードは、自分のものではなく、その家族のマイナカードのパスワードなのでお間違えなく。

「代理人関係名」は、妻の代理人になる（妻の医療費通知情報を取得する）場合は、「妻」「花子」など、誰のことを登録したのかがわかるようにしておきます。
代理権限の有効期限は、その代理人になる家族のマイナカードの有効期限までしか選択できません。
そのままだと、有効期限より後の日付が入力されている場合があります。
なお、マイナカードの生年月日の右に記載があるのは、マイナカード自体の有効期限（成人の場合発行から10回目の誕生日）で、こちらは今回は関係ありません。
その下にある電子証明書の有効期限（発行から5回目の誕生日）を参照してください。
ここは任意記入欄になっているため、記入していなければ空欄です。
空欄の場合は、発行日から５回目の誕生日が期限と判断します。
期限を最大にしたい場合は、この日付を入力します。
「医療費通知情報サービス」が、「委任を受ける」になっていることを確認します。
「メール通知の希望」は、通知が不要であれば、チェックを外します。
「確認」ボタンの上の、「上記の内容で代理することを委任者に同意をした。」にチェックをして、「確認」をクリック。

入力内容に間違いがなければ、「完了」をクリック。

新たに代理人になる（完了）画面が表示されたら、代理人の登録が完了なので画面を閉じます。

e-Taxで確定申告書の作成１（共通）

ここからは、医療費控除の申告の場合も、セルフメディケーション税制の申告の場合も共通です。

国税庁 確定申告書等作成コーナー（下記リンク）へアクセス。
「作成開始」をクリック。

「マイナンバーカードをお持ちですか。」の問いで、「はい」を選択する。

マイナンバーカード読み取りに対応したスマートフォン又はICカードリーダライタをお持ちですか。」の問いで、「はい」を選択する。
認証方法の選択で、「スマートフォンを使用する」を選択する。
※ICカードリーダライタを使用される場合は、使用法を別途お調べください。

確定申告期限内の場合は上部の「所得税」、過去の年分の場合は、下部から「対象の年分」を選択する。

医療費控除の申告を行う場合は、「マイナポータルと連携する」を選択し、セルフメディケーション税制の申告を行う場合は、「連携しないで申告書等を作成する」を選択。
「次へ進む」をクリック。

「利用規約に同意して次へ」をクリック。

e-Taxで確定申告書の作成２（医療費控除）

ここからは、「マイナポータルと連携する」を選択し、医療費控除の申告を行う場合です。
セルフメディケーション税制の申告の場合は、次の項目へ。

「次へ進む」をクリック。

「二次元コードでログイン」をクリック。
このあとは、事前準備の時と同じ要領でマイナカードの読み取りを行う。

認証が完了したら、「次へ」をクリック。

「次へ進む」をクリック。

e-Taxで確定申告書の作成２（セルフメディケーション税制）

ここからは、「連携しないで申告書等を作成する」を選択し、セルフメディケーション税制の申告を行う場合です。
「マイナポータルと連携する」を選択し、医療費控除の申告を行う場合は、次の項目へ。

スマホアプリ「マイナポータル」の、QRコード読み取り画面の白い枠内に、パソコンで表示しているQRコードを表示させる。
事前準備の項目と同じ要領で、マイナカードの読み取りを行う。

「次へ」をクリック。

「OK」をクリック。

e-Taxで確定申告書の作成３（共通）

この画面は、医療費控除の申告の場合も、セルフメディケーション税制の申告の場合も共通です。

e-Tax等への登録情報に間違いがないか確認し、訂正、変更箇所がある場合は、「訂正・変更」をクリック。 過去の年分の申告をする場合は、下部の対象年分を選択する。
「次へ進む」をクリック。

e-Taxで確定申告書の作成４（医療費控除）

ここからは、「マイナポータルと連携する」を選択し、医療費控除の申告を行う場合です。
セルフメディケーション税制の申告の場合は、次の項目へ。

「申告する本人の情報を取得しますか。」は、「取得する」を選択。
「家族分（被代理人）の情報を取得しますか。」は、対象の家族がいる場合は「取得する」を選択。
「マイナポータルに移動して情報を取得」をクリック。

「利用規約に同意する」にチェックを入れて、「次へ」をクリック。

「連携」をクリック。

対象の家族が選択された状態で、「証明書等の取得へ」をクリック。

本人の情報の欄と家族分の情報の欄の、医療費通知情報にチェックが入っている状態で、「上記の留意事項を確認した」にチェックを入れ、「次へ」をクリック。

取得情報一覧に、本人と対象の家族の医療費通知が記載されていることを確認し、「申告書等を作成する」をクリック。

e-Taxで確定申告書の作成５（共通）

ここからは、医療費控除の申告の場合も、セルフメディケーション税制の申告の場合も共通です。

xmlデータを使用する方法は、別途お調べください。
ここでは、この後のページで、領収書等の入力を行う方法を紹介しています。
「次へ」をクリック。

申告者本人の生年月日は、自動入力されるので、間違いがないか確認。
「給与収入がある方・・・」の欄は、会社員なら「給与」にチェック。
その他の所得の場合は、対象の項目にチェックを入れる。
自営業などは、この後に項目あり。
その他の項目は、該当するものにチェックを入れる。
「次へ」をクリック。

「給与」を選択した場合の画面。
源泉徴収票を確認しながら、そのまま入力する。
自営業などの他の所得の場合、それぞれ違う画面が表示される。
入力ができたら「入力終了」をクリック。

所得金額の計算結果が表示されるので、「閉じる」をクリック。

「医療費控除」をクリック。

e-Taxで確定申告書の作成６（医療費控除）

セルフメディケーション税制の申告の場合は、次の項目へ。

「マイナポータルから取得した情報」の欄に、支払った医療費の額が表示される。
金額が違う場合があるので、その場合は訂正する。
保険金で補填される金額がある場合も、訂正から入力。

取得した情報に含まれていない、医療機関に支払った医療費や、薬局やドラッグストアで購入した医薬品の購入費などを入力する場合は、「医療費の領収書等を入力する」をクリック。

医療機関を受診した人・医薬品を購入した人の氏名、病院・薬局名、医療費の区分、支払った医療費の額、補填される金額を入力する。
医療機関を受診した人・医薬品を購入した人、病院・薬局ごとに、まとめて入力ができます。
その場合は、金額の部分を総額にします。
家族で同じ医療機関を受診している場合は、まとめずに別々に入力する。
入力が完了したら、他にある場合は、「もう１件入力する」をクリック。
全て入力が完了したら、「入力内容の確認」をクリック。

入力した内容が表示される。

追加がある場合は、「医療費の領収書等を入力する」をクリックし、全て入力が完了している場合は、「入力終了」をクリック。

医療費控除額の計算結果が表示されるので、「閉じる」をクリック。

e-Taxで確定申告書の作成６（セルフメディケーション税制）

医療費控除の申告の場合は、次の項目へ。

「セルフメディケーション税制」を選択し、「次へ」をクリック。

セルフメディケーション税制の申告をするには、健康診断、予防接種、がん検診、定期健康診断など、健康の保持・増進、予防に関する取り組みを行っていることが条件です。
取り組み内容を選択し、証明書発行者を入力する。
健康診断の結果に記載されている病院など。
「次へ」をクリック。

「医薬品の領収書等を入力する」をクリック。

薬局名などを入力。
同じ薬局に支払った購入金額はまとめられます。
まとめる場合は、医薬品の購入金額、補填される金額を総額にする。
医薬品の名称は、例えば、「イブ」まで入力すると、「イブ」が含まれる医薬品名の候補がセレクトボックスに表示されます。
その中から対象の医薬品名を選択する。

同じ薬局で購入した、他の医薬品がある場合は、「別の医薬品を追加入力する」をクリックして入力する。
医薬品の購入金額と、補填される金額を総額にすることをお忘れなく。
別の薬局で購入した医薬品を入力する場合は、「別の支払先を入力する」をクリック。
全て入力が完了した場合は、「入力内容の確認」をクリック。

入力した内容が表示される。
追加がある場合は、「医薬品の領収書等を入力する」をクリック。
入力が完了した場合は、「入力終了」をクリック。

医療費控除額（セルフメディケーション税制）の計算結果が表示されるので、「閉じる」をクリック。

e-Taxで確定申告書の作成７（共通）

ここからは、医療費控除の申告の場合も、セルフメディケーション税制の申告の場合も共通です。

対象となる家族がいる場合は、配偶者（特別）控除、扶養控除をクリック。

配偶者（特別）控除の入力画面。
配偶者についてを入力し、「入力終了」をクリック。

他の控除についてもこの画面から入力ができます。
今回は、医療費控除、セルフメディケーション税制の申告についてなので、他については割愛します。
全て入力が完了したら、「次へ」をクリック。

所得、納税額などが表示されます。
「次へ」をクリック。

予定納税額の通知の受け取り方法を選択し、「次へ」をクリック。

該当の項目がある場合、チェックを入れる。
「次へ」をクリック。

氏名、電話番号、住所などを入力し、「次へ」をクリック。

マイナンバーを入力し、「次へ」をクリック。

「申告書等を表示する」をクリックし、内容を確認する。
「次へ」をクリック。

スマートフォン（QRコード）を使用にチェックが入った状態で、「次へ」をクリック。

「送信」をクリック。

「送信を実行する」をクリック。

「閉じる」をクリック。

「送信票等印刷へ進む」をクリック。

「申告書等を表示する」をクリックし、提出が必要な書類があるか確認する。
「次へ」をクリック。

「入力データのダウンロードページへ」をクリック。

「入力データをダウンロードページする」をクリック。
このデータを控えとして保管しておく。

「終了」をクリック。

「終了する」をクリック。
これで申告は完了。

さいごに

確定申告は確かにわかりにくい部分や面倒な作業もありますが、医療費が多くかかった年には、忘れずに申告しておくと節税になります。
医療費控除やセルフメディケーション税制を活用すれば、支払った医療費を税金から控除できますので、ぜひ申告してみてください。
一度確定申告を経験すれば、あとは慣れでスムーズに進められるようになります。
e-Taxを利用することで、オンラインで簡単に手続きができるのでおすすめです。
ぜひ、この記事を活用して、確定申告や医療費控除の申告にチャレンジしてみてください。
一年に一回の作業なので、やり方を忘れてしまうこともありますが、そんな時はこの記事を思い出してくださいね！